В 1974 году на базе научно-исследовательской лаборатории экспериментальной и клинической хирургии глаза была создана научная группа лазерной хирургии и флюоресцентной ангиографии.
В 1977 году научная группа была преобразована в отдел лазерной хирургии и флюоресцентной ангиографии.
В 1980 году отделу был присвоен статус Всероссийского лазерного офтальмологического центра.
Основатель и первый руководитель Центра в период с 1974 по 1999 гг. Семенов Александр Дмитриевич, доктор медицинских наук, профессор, академик ЛАН, заслуженный врач РСФСР; главный научный консультант ФГАУ МНТК «Микрохирургия глаза» им. акад. С.Н. Федорова.
С 1999 по 2001 гг. центром руководил доктор медицинских наук, профессор Дога Александр Викторович, в настоящее время - заместитель генерального директора ФГАУ МНТК «Микрохирургия глаза» по научно-клинической работе.
С 2001 по 2016 г – к.м.н. Качалина Галина Федоровна.
В 2014 году в результате реорганизации были образованы 2 структурных подразделения: научно-клинический отдел лазерной хирургии сетчатки и отдел лазерной рефракционной хирургии.
